2020年5月12日 星期二

Perl -X 參數意義 ( -e, -z, -s, -M, -A, -C, -r, -w, -x, -o, -f, -d , -l...)

-X operators


Description taken from the official documentation of Perl:

-r: File is readable by effective uid/gid.
-w: File is writable by effective uid/gid.
-x: File is executable by effective uid/gid.
-o: File is owned by effective uid.
-R: File is readable by real uid/gid.
-W: File is writable by real uid/gid.
-X: File is executable by real uid/gid.

-O: File is owned by real uid.
-e: File exists.
-z: File has zero size (is empty).
-s: File has nonzero size (returns size in bytes).
-f: File is a plain file.
-d: File is a directory.
-l: File is a symbolic link (false if symlinks aren't supported by the file system).
-p: File is a named pipe (FIFO), or Filehandle is a pipe.
-S: File is a socket.
-b: File is a block special file.
-c: File is a character special file.
-t: Filehandle is opened to a tty.
-u: File has setuid bit set.
-g: File has setgid bit set.
-k: File has sticky bit set.
-T: File is an ASCII or UTF-8 text file (heuristic guess).
-B: File is a "binary" file (opposite of -T).
-M: Script start time minus file modification time, in days.
-A: Same for access time.
-C: Same for inode change time (Unix, may differ for other platforms)

2020年4月17日 星期五

2020/04/17 Fri. Daily

PacBio的 Webinar讓我回溫當初 Bacteria genome de novo assembly的小知識,有時候並不是只有演算法計算的問題,還有著如何判斷計算出來的結果是否符合生物意義的難題,有些開心,有些燒腦,卻也讓自己有些信心可以繼續走下去。



回到住處,YT跳出了訊息,劉若英辦了免費的線上演唱會,防疫期間,有免費的演唱會其實蠻不錯的,感謝相信音樂,線上演唱會不容易,網路連線,鏡頭轉換,不斷電的演奏,方方面面都是個挑戰。

很有感覺的一句話,恩。
「陪伴可以悄無聲息,也可以洶潮澎湃」




2020年4月16日 星期四

被欠薪水嗎? 存證信函怎麼寫?

人生退伍後第二個工作,碰上了CEO沒準時給付薪水,好在後來還是有給了,做了些功課還是紀錄一下。

參考影片:

存證信函需要到 中華郵政-存證信函下載處 下載後書寫。

寫完後的內容再至法扶機構向律師詢問內容是否妥當。


如果老闆還是耍賴不從,接下來只能到各地方勞工局 (處) 檢舉申訴,如: 台北市政府勞動局。

2020/04/16 Daily

經過好長一段時間沒有寫文章,變得不知道怎麼跟自己對話,或許回來練習將自己的想法寫下來,會是個好方法。

2019/12/24 聖誕節前一天,一場無言的紛爭就此終結一段關係,到今天,我還是斷的有些莫名、無奈,最後留下的是google photo上,每一天歷史回顧的照片,這五年的時光,真的沒有白過,卻也成為我近期最大的折磨;三年前的這幾天,是一起環島一周的日子,不敢停留照片,快速滑過的瞬間,還是歷歷在目的景象,球球、我們,如今都不一樣了。

上個工作離職,到這份新的工作,至今日剛好一個月了,忙碌,疲憊,不管生理心理,嘗試著每日振奮自己,心裡卻有著無數的感受憋著,實屬難受,好在新公司還算自由,也很包容,比較多的是自己給予的壓力。

突然發現,對我來說,比起別人給的壓力,其實自己給的壓力還比較大與難受!

新的資料型態,新的分析方式,雖然有著以往的經驗,卻也有著一定的難度,對於自己的期許,希望自己可以達成: 在兩個月內學會實際分析資料。

Oxford Nanopore 真是前景無限的技術,10X 也就只好有空再拿來玩玩了。

今天對於 Long read 的分析突然有個疑問,到底做consensus (error correction) 和 assembly 有什麼相異之處呢?
目前只知道 medaka (error correction) 做 consensus時是需要 reference的。

繼續努力!! long read analysis!!